El Obispo Fray Juan Ramos de Lora erigió la Catredal de Mérida con el titulo de Inmaculada Concepción de la Santísima Virgen el 4 de diciembre de 1786, en le  lugar donde estaba situado el antiguo templo de San José. En 1805, el Obispo Hernández Milanés comenzó la construcción del edificio, siguiendo los planos de la Catedral de Toledo, España,  del siglo XVII, trabajos que se vieron interrumpidos por el terremoto de 1812, en el cual perece el Obispo Milanés; y por la Guerra de la Independencia. En 1842, el Obispo Dr. Juan Hilario Boset, oriundo de La Guaira, continúa las obras hasta 1867, cuando es consagrada. El terremoto de 1894, sacude a la ciudad de Mérida y la Catedral sufre nuevos daños, para entonces Monseñor Silba, promueve los trabajos de reparación y además levanta el coro de los canónigos  y amplía la Catedral.

En 1927 llega a Mérida Monseñor Acacio Chacón Guerra, quien emprende la reconstrucción definitiva del templo, le asigna el trabajo al arquitecto español Manuel Mujica Millan quien comienza a embellecer y ampliar el viejo edificio, quedando concluido el 9 de Octubre de 1958, Cuatricentenario de la Ciudad de Mérida. Su consagración en honor a la Inmaculada Concepción se realizó el 12 de Mayo de 1960.

Posteriormente, el Papa Juan Pablo II la eleva a Basílica Menor de la Inmaculada Concepción, el 14 de Abril de 1991. Este templo se encuentra entre los más hermosos del país.